Este agrupamento de escolas foi criado no ano de 2004, nos termos do n.º 4 do art.º8.º, do decreto-lei nº 115-A/98 de 4 de Maio, por proposta da DREA. A Escola sede (EBI/JI da Malagueira) foi inaugurada no mesmo ano integrando o Agrupamento de Escolas n.º 1 da Malagueira.

Em dezembro de 2009, e tendo em conta a diversidade da população escolar com distintas características sociais, económicas e culturais, o agrupamento contratualizou com a DGIDC e a DREA um Contrato Programa no âmbito do Território Educativo de Intervenção Prioritária (TEIP). Este projeto tem permitido dotar o agrupamento de recursos essenciais para melhor dar resposta aos casos de insucesso, absentismo escolar e comportamentos disruptivos.

Mais recentemente, foi homologado o Contrato de Autonomia deste Agrupamento em fevereiro de 2013, espera-se uma maior autonomia na gestão e organização dos recursos necessários, de forma a proporcionar as respostas adequadas, na prossecução de estratégias de inclusão e da criação de um clima educativo favorável às aprendizagens e à convivência, entre todas as crianças/alunos do agrupamento.

Recentemente foram criados os Mega agrupamentos de escolas (Despacho n.º 137/2012, de 2 julho) no Concelho de Évora, no entanto, o nosso agrupamento não foi agregado por se encontrar no regime de exceção, artigo 7.º-A, ponto 1, alínea a) e e), do referido despacho, isto é, por ser TEIP e por ter Contrato de Autonomia, respetivamente.

Ao longo do ano letivo de 2012/13 decorreu um processo de seleção e de eleição, por parte dos vários elementos da comunidade educativa, do patrono da escola. Assim, o agrupamento passou a designar-se Agrupamento de Escolas Manuel Ferreira Patrício desde 13 de Junho de 2013.